הקבינט המדיני-ביטחוני מתכנס, ביום ב' 30.9 לישיבת חירום. כוחות צבא גדולים מוזרמים לאזור חלחול. בין השאר נמצאים בחלחול כוחות גדולים של שב"כ ומשטרה.

גופותיהם של שלושת הנערים גיל-עד שער, נפתלי פרנקל ואיל יפרח, נמצאו ביום ב' 30.6 לפנות ערב, בכפר כחיל, ליד העיירה הפלסטינית חלחול, שבועיים וחצי לאחר חטיפתם בגוש עציון כשהן יירויות. מיד עם התקבל הידיעה בלשכות ראש הממשלה בנימין נתניהו, ושר הביטחון משה (בוגי) יעלון, הוחלט על כינוס דחוף עוד הערב של הקבינט המדיני-ביטחוני, כדי להחליט מה תהייה תגובת ישראל על הרג שלושת הנערים. המקורות הצבאיים של תיקדבקה מדווחים, כי כבר מסוף היום השני של חטיפת הנערים במוצאי שבת 14.6, התגבר החשש הכבד כי שלושת הנערים, כולם, או חלקם, איננו בחיים. החשש הפך כמעט לוודאות לאחר שאפשר היה לשמוע בקלטת של השיחה שנקלטה במוקד המשטרה 101 מהנערים החטופים, קולות ירי. הפרטים:

העובדה שהחמס משתתף בירי הטילים מהרצועה על מטרות בישראל, איננה חדשה. עצם העובדה שאיש חמס נהרג ביום א' 29.6, כאשר חיל האוויר תקף חוליית שיגור של טילים ליד חאן יונס, לאחר ירי 6 טילי 'גראד' על נתיבות, הראתה בעליל, כי בכל חוליות השיגור של הטילים ישנו איש מבצעים או איש מודיעין של החמס המספק את מטרות, וגם שומר על כך כי המשגרים לא יחרגו מהקווים האדומים אשר הארגון קבע. הדרגים המדיניים והצבאיים הישראלים התעלמו מכך, משום שלא רצו לפתוח חזית שניה נגד החמס, נוסף לזו המתנהלת ביהודה ושומרון במסגרת החיפושים אחר שלושת הנערים החטופים. משמעות הפרסום הזה ביום ב' 30.6, פירושו אות אזהרה אחרון של ממשלת נתניהו וצה"ל לחמס. אם ירי הטילים יימשך, צה"ל יעלה את רף הפעולות שלו נגד מטרות ברצועת עזה, כולל של החמס.

מפקד אגף המבצעים במחוז ש"י, ניצב-משנה שי אזולאי, מפקד מרכז השליטה במחוז, רב-פקד מוטי שושן, אחראי המשמרת במוקד 100 והשוטרת הוותיקה שקיבלה את שיחת הנערים החטופים והתייחסה אליה כהטרדה, הודחו ביום ב' 30.6 מתפקידיהם, על ידי מפכ"ל המשטרה רב-ניצב יוחנן דנינו, שקיבל לידים את דו"ח ועדת הבדיקה שהקים לבחינת הליקויים במשטרת ישראל בשעות הראשונות של חטיפת שלושת הנערים. נוסף על ההדחה, תירשם לניצב-משנה אזולאי ורב-פקד שושן הערת מפקד. גם לראש ענף המבצעים תירשם הערה, בגין תפקודו הלקוי. באשר לאחראית המוקד ואחראי המשמרת, הוחלט לשקול את המשך שירותם במשטרת ישראל. בנוגע לשוטר בשירות חובה צבאי במסגרת המשטרה, נקבע כי הוא פעל כמצופה ממנו.

משטרת ישראל העלתה ביום ב' 30.6, את רמת הכוננות של כוחותיה לדרגה ג', שהיא רמה אחת מתחת לרמה הגבוה ביותר. המשטרה מסרה כי צעד זה ננקט לאחר גילוי גופות שלושת הנערים שנחטפו, ועקב המתיחות הביטחונית.

מפקד פיקוד מרכז, האלוף ניצן אלון אמר, ביום ב' 30.6, בהודעה קצרה שמסר בלילה, כי אלפי חיילים ושוטרים ממשיכים במבצע ללכידת החוטפים-הרוצחים, אנשי החמס. 'לא ננוח ולא נשקוט עד השלמת המשימה', אמר האלוף ניצן.

ראש הממשלה בנימין נתניהו, פרסם ביום ב' 30.6, מתוך ישיבת הקבינט המדיני-ביטחוני את ההודעה הבאה: 'ביגון כבד מאוד מצאנו הערב שלוש גופות, וכל הסימנים מצביעים על כך שאלו הגופות של שלושת נערינו החטופים - אייל, גיל-עד ונפתלי'. 'הם נחטפו ונרצחו בדם קר על-ידי חיות אדם. בשם כל עם ישראל אני מבקש לומר למשפחות היקרות, לאימהות, לאבות, לסבתות ולסבים, לאחיות ולאחים, לבנו שותת דם, העם כולו בוכה איתם. נביא את הבנים לקבר ישראל. נקמת דם ילד קטן עוד לא ברא השטן, וגם לא נקמת דם של נערים צעירים וטהורים – שהיו בדרך הביתה לפגוש את הוריהם – ולא יראו אותם עוד'. 'החמס הוא האחראי, והחמס ישלם', סיים ראש הממשלה את הודעתו.

נשיא ארה"ב אובמה שלח, ביום שני 30.6 בלילה, בשם העם האמריקני, תנחומים למשפחות שלושת הנערים שנרצחו. הנשיא אמר, כי אב הוא מרגיש את כאבן הלא יואמן של משפחות הנרצחים. אובמה הציע עזרה אמריקנית במציאת הרוצחים, ובו בזמן קרא לישראל ולפלסטינים, שלא לנקוט בצעדים אשר יגבירו את חוסר היציבות באזור.